Plataforma de Metabolómica

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La Plataforma de Metabolómica es una infraestructura científica y tecnológica conjunta creada en 2007 para proporcionar apoyo tecnológico y científico avanzado en metabolómica. Opera dentro del ecosistema de MIL@b – Metabolomics Interdisciplinary Laboratory y está integrada en CIBERDEM, la Universitat Rovira i Virgili e IRB CatSud.

La metabolómica es el estudio integral del metaboloma, es decir, el conjunto completo de pequeñas moléculas presentes en un sistema biológico, mediante tecnologías analíticas de alto rendimiento. Esta disciplina permite caracterizar fenotipos metabólicos y facilita aplicaciones en el descubrimiento de biomarcadores, el estudio de mecanismos de enfermedad y la medicina de precisión.

La misión de la Plataforma es actuar como un laboratorio integrado que da soporte a todo el flujo de trabajo metabolómico, desde el diseño experimental hasta la interpretación biológica. Presta servicio a usuarios académicos, clínicos e industriales, contribuyendo a la investigación traslacional en ámbitos como las enfermedades metabólicas, el cáncer y la biología de sistemas.

 

Estructura

Nodos

La Plataforma está organizada en dos nodos complementarios:

Nodo Tarragona

1.MIL@b – Metabolomics Interdisciplinary Laboratory; Escuela de Ingeniería (DEEEA) de la Universitat Rovira i Virgili.

Actividad principal: metabolómica computacional y desarrollo tecnológico.

2.Scientific and Technical Resources Service (SRCiT) a la Universitat Rovira i Virgili.

Actividad principal: preparación y procesamiento de muestras y análisis instrumental.

Nodo Reus

3.IRB CatSud (Hospital Universitari Sant Joan de Reus).

Actividad principal: procesamiento y análisis de datos, identificación de metabolitos, análisis estadístico, elaboración de informes, metabolómica clínica e investigación traslacional.

Esta estructura de doble nodo garantiza la integración entre el desarrollo tecnológico y computacional, la generación y el procesamiento de datos brutos y su aplicación biomédica.

Más información:

https://www.ciberdem.org/

 

Con el apoyo de:

La Plataforma ofrece servicios integrales de metabolómica adaptados a necesidades de investigación y clínicas.

Servicios científicos

  • Diseño experimental y asesoramiento.
  • Análisis metabolómico dirigido y no dirigido.
  • Lipidómica y flujos de trabajo especializados.
  • Procesamiento de datos, anotación y análisis estadístico.
  • Integración multiómica y enfoques de biología de sistemas.
  • Interpretación biológica y elaboración de informes.

Servicios tecnológicos

  • Desarrollo de métodos analíticos personalizados.
  • Acceso a software propietario y de código abierto, así como a plataformas en la nube.
  • Análisis de datos mediante aprendizaje automático e inteligencia artificial.

Formación y colaboración

  • Cursos de formación y talleres.
  • Apoyo en solicitudes de ayudas y proyectos colaborativos.

 

La Plataforma proporciona acceso a recursos analíticos y computacionales de última generación.

Espectrometría de masas

1. LC-MS/MS

  • – Orbitrap ID-X Tribrid MS para metabolómica no dirigida.
  • – Orbitrap IQ-X Tribrid MS para metabolómica no dirigida.
  • – Xevo TQ Absolute XR Triple Quadrupole MS para análisis dirigidos.

2. Imagen por espectrometría de masas MALDI (metabolómica espacial)

  • – Exploris 120 Orbitrap MS con fuente MALDI Spectroglyph.
  • – Deposición de matriz mediante evaporación térmica a baja temperatura (LTE). Imagen por espectrometría de masas DESI
  • – Fuente DESI XS acoplada a Xevo TQ Absolute XR.

3. GC-MS

  • – TRACE 1310 GC acoplado a Orbitrap Exactive GC.

4. Resonancia Magnética Nuclear

  • – Espectrómetro RMN Bruker Avance III de 600 MHz.

5. Infraestructura computacional

  • – Sistemas de computación de altas prestaciones.
  • – Pipelines avanzados de bioinformática: MS2Xplorer y rMSI2.
  • – Software propio y comunitario de código abierto: ChemEmbed, SingleFrag, HERMES, CliqueMS, XCMS (versión 4), SIRIUS, MSBuddy, entre otros.
  • – Plataformas de análisis metabolómico en la nube: DATOMA Cloud.

Estos recursos permiten el análisis a gran escala y alta resolución de muestras biológicas y conjuntos de datos complejos.

La Plataforma opera bajo un modelo flexible de prestación de servicios, con precios adaptados según:

  • – Tipo de servicio (analítico, computacional o consultoría).
  • – Complejidad del proyecto.
  • – Número de muestras.
  • – Uso académico o industrial.

Las tarifas de los servicios de espectrometría de masas siguen los precios anuales aprobados por la Universitat Rovira i Virgili.

Los presupuestos detallados para servicios computacionales y bioinformáticos se elaboran bajo petición, de acuerdo con los objetivos específicos de cada proyecto y las tarifas aprobadas por IRB CatSud:

 

La Plataforma está liderada por un equipo interdisciplinar de investigadores y especialistas técnicos que combinan experiencia en química, bioquímica, ingeniería, espectrometría de masas y biología computacional.

  • Coordinador científico: Oscar Yanes, PhD.
  • Científico de datos: Jordi Capellades, PhD.
  • Técnica de espectrometría de masas: Sònia Abelló.
  • Técnica de espectrometría de masas: Sandra Junza.

Hospital Universitari Sant Joan de Reus
Planta 0. Secció de Color Taronja
Avda. Josep Laporte, 4
43204 Reus

Escola Tècnica Superior d’Enginyeria (ETSE) URV
Dept. Eng. Electrònica, Elèctrica i Automàtica
Avinguda Països Catalans 26 43007 Tarragona

Contacto: Óscar Yanes

A/E: metabolomica@irbcatsud.cat
Tel.: +0034 977 759 397 / 977 770 958